COMIC rassemble des technologies « omiques » et des plateformes informatiques pour l’identification des biomarqueurs de diverses pathologies

19 05 2014

Le Réseau Transfrontalier de Recherche Biomédicale des Pyrénées, Refbio, a permis la mise en marche du projet COMIC, Creation of a multi-OMIC analysis platform to accelerate biomarker discovery. Des cliniciens, des biologistes, des biochimistes et des informaticiens venus de divers centres espagnols et français mettront en commun leurs efforts pour permettre la mise au point de technologies omiques (analyse des microRNA, transcriptomique et protéomique) sur des échantillons à haut intérêt clinique pour leur analyse informatique ultérieure moyennant l’application de techniques sémantiques et d’apprentissage automatique. Tout ceci permet la visualisation et le traitement des informations afin de permettre la détection de biomarqueurs précoces de maladies.

Dans une première étape, les échantillons biologiques à analyser seront sélectionnés en veillant à ce que leur analyse vise à la résolution d’une problématique particulière. Par la suite, on passera au développement de l’analyse omique comparative à plusieurs niveaux moyennant l’utilisation de plateformes complémentaires de transcriptomique et de protéomique. Une fois que les données auront été générées, on passera à la standardisation des formats avec lesquels la plateforme informatique pourra commencer la mise au point d’une application web qui permettra l’analyse des données omiques dans leur ensemble avec des outils sémantiques, moyennant l’évaluation automatique de la signification et du rapport entre les diverses données obtenues. Dans l’actualité, le type d’échantillons à analyser a déjà été établi et à présent, on travaille sur la définition des flux de travail et de la quantité d’échantillons nécessaires à la réalisation des analyses en toute garantie.

Le projet est coordonné par le Dr Enrique Santamaría, Chef du groupe de neuroprotéomique clinique et Responsable scientifique de l’unité de protéomique de Navarrabiomed. Le projet compte également sur l’intervention du Dr. Joaquin Fernández-Irigoyen, responsable technologique de l’unité de protéomique de Navarrabiomed, du Dr. David Otaegui, chef du groupe de recherche en sclérose multiple et responsable de la plateforme de génomique / transcriptomique de Biodonostia, du Dr. David Brassat, directeur de l’unité de sclérose multiple au CHU Toulouse-INSERM, du Dr. Gregory McClair, Expert en Computer Graphics au centre technologique IK4-Vicomtech, et du Dr. Odile Schiltz, responsable de l’unité de protéomique de la plateforme Genotoul de Toulouse.

 

Dr Enrique Santamaría (Navarrabiomed)